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同年八月十二日，缅王以饮咒水盟誓为名，杀了跟随朱由榔的四十二名大臣和太监；十二月初三，缅王受到压力，将朱由榔及家属送交清军带回昆明。
永历十六年（清康熙元年，1662年）正月，台湾荷军向郑成功投降。
四月十五日，朱由榔与儿子朱慈煊被吴三桂绞杀在昆明；郑成功二子郑经在思明与乳母私通，加上当时郑芝龙在北京被杀，又闻朱由榔在云南被杀，郑成功数痛攻心，于五月初一日病逝（据最近考证是被暗杀）；六月二十七日，李定国在真腊得知永历帝死讯，也忧愤而死。
十一月，郑经从厦门来到台湾接手经营，名义上仍奉永历帝为正朔，继续沿用永历年号。
清康熙三年（1664年）三月，郑经迎宁靖王到台湾监军。
八月，夔东十三家抗清失败，李来亨全家自焚，明朝在大陆的抵抗结束。
九月，清廷在杭州弼教坊处决张煌言。
十一月，清荷联军攻陷金厦两岛，郑军撤回台湾。
清康熙十二年（1673年）十一月，三藩之乱爆发，郑经受耿精忠请援，率军西征福建，任命郑克臧为监国。
郑经收复厦门后，并收漳州、泉州与潮州三府，进而攻下广东惠州。
后来，广东尚可喜、福建耿精忠相继为清军所平定，云南吴世璠亦败亡，郑经势力败退只能守住厦门。
清康熙十九年（1680年），清将万正色遣人游说郑军水师副总督朱天贵率舰300艘，将士2万余人降清，郑经放弃厦门并班师回台，之后沉迷于酒色。
清康熙二十年（1681年），郑经病殁，遗命郑克臧嗣位，冯锡范毒害郑克臧，拥立女婿郑克塽，独揽大权。
康熙帝趁着郑家内讧，以施琅为水师提督着手征讨台湾。
清康熙二十二年（1683年），施琅大败刘国轩，攻克澎湖，给台湾造成极大军事压力，同年延平王郑克塽降清，宁靖王朱术桂携五妃自杀殉国，全国最后一支抗清势力覆灭。
胤祉、胤祺、胤禩、胤祹一直在和隆科多讨论着，议论着，他们见弘暎发呆发愣出了神，叫道：“弘暎，你在想什么呢？这么出神。”
弘暎这才醒悟过来：“怎么了？”
胤祹问道：“你在想什么呢？难道隆大人来，把你吓倒了？”
弘暎勉强一笑：“没，没有啊。”
胤祹道：“瞧你那样，我们还以为你吓着中邪了。”
弘暎思虑了一下：“我就是有一事不明，想请教一下隆大人。”
隆科多问弘暎：“请教不敢当，有话你就直说。”
弘暎继续说道：“如果那云晴格格是朱由榔的女儿，起码也有六十岁了，而被你抓的那个云晴格格不过才三十出头，这明显不符啊？！”
隆科多解释道：“回郡王爷，前明遗民反清复明之心一直未死，这些年苗头正起。不只如此，他们依然延续朱由榔颁授的官爵，作为朝廷的象征和负责联络各部的“督师”、“阁部”、“部院”，以至于太监都照做前朝委任。因云晴格格乃是朱由榔的女儿，也是朱由榔唯一的血脉，因此倍加尊崇，依然享受公主待遇，所以保养得非常好。再加上她天生丽质，身材婀娜，穿着得体，落落大方，确实看不出她实际的年龄。”